Tras la implantación del ferrocarril en Zaragoza en el año 1861, las estaciones del Norte y del Sur quedaron unidas por una vía que cruzaba el río sobre este Puente del Ferrocarril, en origen, inaugurado el 1 de octubre de 1870.

En 1947, y tras diversos problemas de estabilidad, Renfe encargó un nuevo puente de tres vías ferroviarias al ingeniero de caminos Eduardo Torroja. Una de ellas pronto empezó a utilizarse; otra, nunca se usó; y, la tercera, nunca se construyó.

En los años 70 dejaron de circular los trenes y se previó abrir al tráfico para permitir la comunicación hacia la margen izquierda debido a la expansión de la ciudad. Todavía en marzo de 1983 de daban a conocer las bases del concurso para la construcción del nuevo puente que, finalmente, fue adjudicado a Huarte S.A., inaugurándose la reforma el 30 de septiembre de 1987.

En uno de los extremos del puente, podemos encontrar una locomotora en acero inoxidable firmada por Antonio Martínez Santonja, que recuerda la función originaria del puente.

En el 2009 se transformó convirtiendo la parte central en un boulevard peatonal con carril bici.