El edificio se conforma supuesta planta antigua iglesia conventual de que hoy restan cripta y fachada la fachada barroca y su torre campanario, de principios del siglo XVIII, se ha habilitado como acceso principal al Centro desde la Plaza San Agustín. En su recuperación se ha tenido en cuenta la conservación al máximo de los elementos originales, incluyendo los motivos decorativos y heráldicos de que consta. Por otra parte, también se incorpora el espacio conservado de la cripta de la antigua iglesia, incluido en el sótano 1 del edificio. Así, la nave principal del Centro se articula entre la fachada histórica y la cripta.
El edificio, obra del arquitecto José María Ruiz de Temiño, dispone de dos sótanos, una planta baja y dos plantas en altura, con sus correspondientes entreplantas técnicas.
El Centro de Historia de Zaragoza cuenta con dos plantas para albergar las exposiciones temporales y que ocupan un total de 1200 m2, y otros dos espacios expositivos denominados Espacio Cripta y Espacio Tránsito.
Además, esta infraestructura municipal está dotada de:
con capacidad para 182 personas
con una capacidad de 25 personas cada una
donde se canaliza la información sobre las propuestas culturales de la ciudad, tanto de carácter público como privado, varios puestos de ordenador con acceso a Internet gratuito y un espacio de biblioteca donde consultar catálogos, revistas...)
Espacio de trabajo para músicos, realizadores y creadores audiovisuales.
El Laboratorio es un centro de creación equipado con instalaciones y medios profesionales destinado a la difusión de la música y audiovisuales en su faceta creativa. Como medio de difusión y de los trabajos realizados cuenta con su propia editora discográfica. A su vez colabora con otros centros de producción y formación para ampliar sus propuestas y actividades.
Por otro lado presta apoyo logístico a las exposiciones, control y gestión del equipamiento técnico del Centro, organiza y desarrolla talleres temáticos y cursos específicos y seguimiento audiovisual de actividades propias.





